Izbirni predmeti so predmeti, ki si jih učenec sam izbere v 7., 8. in 9. razredu. Razdeljeni so v 2 sklopa: družboslovno – humanistični sklop in naravoslovno – tehnični sklop. Učenec izbere 2 uri izbirnih predmetov tedensko, ali 3 ure izbirnih predmetov tedensko, če s tem soglašajo starši. Fleksibilni predmetnik omogoča, da se nekateri izmed izbirnih predmetov izvajajo 14 dnevno ali strnjeno v enem polletju.
Če učenec v 7., 8. in 9. razredu obiskuje glasbeno šolo z javno veljavnim programom, je lahko na predlog staršev oproščen sodelovanja pri izbirnih predmetih. Učenec je lahko v celoti oproščen sodelovanja pri izbirnih predmetih ali pa le pri eni uri. Starši najpozneje do 31. avgusta posredujejo pisno vlogo in predložijo potrdilo o vpisu njihovega otroka v glasbeno šolo.